Иногда Spotlight ломается, в нем появляются ошибки и он может искать, допустим, программу Mail несколько минут. Это скорее всего означает, что в Spotlight-базе появились ошибки и нужно ее удалить и создать заново. Делается это следующими командами в терминале:

sudo mdutil -E /

, затем

sudo mdutil -i on /

Через несколько минут (если у вас SSD-винчестер) или часов (если у вас на HDD очень много информации, и скорость его не такая высокая) Spotlight перестроит базу и тормозить больше не будет.